Inštitut dr. Jožeta Pučnika je ustanovljen kot zavod v skladu z zakonodajo, ki ureja področje zavodov.
Organi inštituta so:
Ustanovitelj:
Gorazd Pučnik
Svet zavoda
Svet sestavlja sedem članov, predsednica sveta je dr. Andreja Valič Zver.
Člani sveta:
Dr. Andreja Valič Zver
Mag. Iva Pučnik Ozimič
Janez Mežan
Viktorija Dolinar
Zvone Černač
Metod Berlec
Člani upravnega odbora:
Kek Polona
Kovačič Dimitrij
Zadrgal Drago
Člani akademskega sveta:
Dr. Matevž Tomšič (predsednik akademskega sveta)
Akad. Dr. Janko Kos
Dr. Tamara Griesser Pečar
Dr. Tone Jerovšek
Margarita Maria Dolinar
Dr. Vasko Simoniti
Mag. Lojze Dolinar
V.d. direktor Inštituta dr. Jože Pučnika je Dominik Štrakl.